Будинок, який сьогодні є музеєм, - пам’ятка архітектури кінця ХVІІ - з надбудовами в ХІХ ст., відомий в Києві як "будинок Мазепи”. Його відреставрували за рахунок фінансування Київської міської державної адміністрації, Благодійного Фонду Івана Мазепи, а також за кошти української діаспори, зокрема визначного громадського діяча із США Маріяна Коця. 

Ключовим завданнями Музею є збереження, комплектування, вивчення і використання пам’яток історії та культури України козацько-гетьманської доби та висвітлення проблем державотворення в Україні.

У стінах музею постійно проводяться численні історико-тематичні, художні виставки, науково-практичні конференції, дискусії, громадські і мистецькі заходи. Періодично відбуваються засідання дискусійного клубу "Гетьманська вітальня”. Постійно діють наукові виставки "Гетьман Іван Мазепа”, „Пилип Орлик – Гетьман, автор першої демократичної конституції України” і "Павло Скоропадський та Українська держава 1918 року”. Основні фонди Музею налічують понад 6000 експонатів.